En 1997 nacen en la Fundación Arco Iris los primeros planes para construir una clínica como resultado de una búsqueda de un sistema que atienda las necesidades de salud para Niños de la Calle (NDLC). El primer proyecto de salud estuvo ubicado en un colegio de la zona central de La Paz, donde se trataba ambulatoriamente las dolencias de los que viven en las calles. Las razones iniciales para construir un centro de salud propio de la Fundación fueron las cuentas crecientes que tenía que pagar el Padre José por el tratamiento de los NDLC en diferentes hospitales.

En agosto de 1998, la Papstiiches Missionswerk fur Zinder (PMK – Obra Misionera Papal para los Niños) de Alemania realizó una solicitud de ayuda a la Unión Europea (UE), para un proyecto de cinco años. Gracias a esta ayuda, la Fundación Arco Iris planificó la construcción de un moderno hospital de Segundo Nivel, ubicado en la calle 15 de abril, prolongación villa Fátima en la zona de Alto Miraflores de La Paz. La construcción del Hospital Arco Iris se terminó en septiembre de 2001, la inauguración del hospital fue el 27 de septiembre y la apertura el 23 de octubre de 2001.

Las finalidades perseguidas con el hospital fueron: Formación, Prevención e Instrucción Sanitaria y Rehabilitación, para el grupo meta compuesto por un estimado de 5.000 niños que viven en la calle y otros 30.000 niños aproximadamente que trabajan en la calle. El proyecto debería alcanzar prioritariamente la previsión sanitaria.

Los cuadros de morbilidad, indican que 78% de los niños padece de caries, 42% de alcoholismo, 39% de enfermedades de la vista, 28% de enfermedades venéreas, 28% de desnutrición, 26% de drogadicción y 16% otras infecciones, enfermedades de la piel, diarreas o enfermedades de las vías respiratorias.

El hospital de 100 camas, muestra un alto estándar en su infraestructura y equipamiento médico y es considerado como “uno de los mejores” hospitales en La Paz, donde trabajan cerca de 270 personas. Cuenta con 26 especialidades y atiende cerca de 80.000 personas por año, de las cuales cerca de 4.000 pertenecen a la población principal, niños de la calle. 3 consultorios móviles además proveen de salud primaria a los niños pobres y principalmente uno de ellos se introduce en las calles donde viven los más desprotegidos y son la meta de la Fundación Arco Iris.

Estos consultorios atienden cerca de 40.000 niños menores de 18 meses por año, lo cual incluye la provisión de medicamentos en forma gratuita.